أصبحت طرابزون محطة العمل التالية لكنعان رفاعي بصفته مديراً للتعليم في الولاية.
في هذه المدينة التي عُين فيها عام 1896، واصل مهنة التدريس أيضاً؛ حيث قام بتدريس الصحة العامة، واللغة الفرنسية، والعلوم، والجغرافيا.
كان التعليم في طرابزون في تلك الفترة مجالاً نشطاً للغاية. اهتم كنعان رفاعي عن كثب بالمدارس الدينية والمدارس الإعدادية التي كان يبلغ عدد طلابها حوالي 450 طالباً. وعمل على قضايا تشمل احتياجات المؤسسة من المركز إلى الأرياف، وظروف عمل المعلمين، ومستوى أدائهم.
وقد اهتم بشكل شخصي بالشؤون المالية لمديرية التعليم، وتعاون مع الإداريين المحليين والأهالي لتلبية الاحتياجات التعليمية للمنطقة.
كان تعيين كنعان رفاعي في طرابزون بداية لمرحلة جديدة في حياته المهنية وتطوره الشخصي. بدأ يعيش حياة محاطة بشخصيات قيمة في طرابزون. وكان الوالي قدري بك، الذي خدم في طرابزون لسنوات طويلة، أحد أبرز الأسماء في هذه الفترة.
أثر قدري بك بذكائه ومعرفته وحديثه العذب تأثيراً عميقاً في كنعان رفاعي. كما أحب قدري بك مدير المعارف الشاب هذا وقدره تقديراً كبيراً. وتحولت الصداقة التي نشأت بينهما إلى رابطة عميقة وصادقة استمرت لسنوات حتى بعد مغادرة طرابزون.
تركت سنوات طرابزون آثاراً عميقة في حياة كنعان رفاعي ومؤلفاته. وضعت الصداقات التي اكتسبها، والتجارب التي عاشها، والصعوبات التي واجهها في هذه الفترة، الأسس لأسلوبه التعليمي وتأثيره على محيطه.
أضفت عودته إلى إسطنبول اتجاهاً جديداً لأعماله في مجالي التعليم والثقافة. عُين كنعان رفاعي مديراً لمدرسة “نموذج الترقي” الثانوية، حيث قام بإنجاز إصلاحات تعليمية مهمة بتوجيهات من السلطان عبد الحميد الثاني.
قُدرت أعمال كنعان رفاعي في طرابزون من قبل نظارة المعارف بمنحه وسام التقدير. وفي عام 1896، طلب نقله إلى إسطنبول بسبب مرض والدته.
