عندما عُيّن كنعان رفاعي في إسطنبول في كانون الثاني/يناير 1897، كانت مهمته الأولى هي إدارة مدرسة “در سعادت” الإعدادية. ومع ذلك، وقبل أن يبدأ في هذه المهمة، تم تعيينه مديراً لثانوية “نموذج الترقي”. وقد قام بتدريس الجغرافيا والعلوم في هذه المدرسة أيضاً.
عندما وصل رفاعي إلى إسطنبول في تشرين الثاني/نوفمبر 1896، كان الجو في المدينة مضطرباً. كانت إسطنبول منشغلة بالمظاهرات الأرمنية المستمرة منذ عام 1895 وحادثة البنك العثماني التي وقعت قبل ثلاثة أشهر. كان للجان الطاشناق والهنشاق تأثير كبير في ذلك. فقد قامت المنظمة بمداهمة البنك العثماني في هجوم مفاجئ في آب/أغسطس 1896 وأشعلت انتفاضة دموية في المدينة. في مثل هذا الجو بدأ كنعان رفاعي مهامه.
بالإضافة إلى ذلك، كانت للمدرسة التي يعمل بها “وضع خاص”. فقد قام نادر بك، مؤسس مدرسة “نموذج الترقي”، بفتح هذه المدرسة بصفة ثانوية خاصة بعد عودته إلى إسطنبول عقب إتمام دراسته في إنجلترا. ولكن عندما انكشفت أنشطة نادر بك المناهضة للحكومة، تم نفيه، واستولت الدولة على المدرسة، وتم تغيير طاقم العمل بالكامل. وعندما أعيد فتح المدرسة للتعليم بصفة مدرسة رسمية في كانون الثاني/يناير 1897، كان كنعان رفاعي هو أول مدير يتولى المنصب. وقد بذل جهوداً مكثفة لإعادة هيكلة المدرسة.
ومن التفاصيل الأخرى لهذه الفترة التي قضاها كنعان رفاعي في إسطنبول صداقته مع زميله القديم من ثانوية غلطة سراي، الدكتور سرفر حلمي. لقد تحولت الصداقة التي بدأت في سنوات الدراسة إلى رحلة روحية في إسطنبول بعد سنوات. في تلك السنوات، عاش سرفر حلمي، الذي كان يتبنى وجهة نظر مادية، تحولاً داخلياً بتوجيه من رفاعي وبدأ في تشكيل حياته وفقاً لعالم القيم الذي قدمه رفاعي.
قدم كنعان رفاعي طلباً إلى الوزارة للخدمة في المدينة المنورة بعد حوالي ثلاثة أشهر من تعيينه في إسطنبول. وقد عبر رفاعي عن سبب هذا الطلب بقوله: “لاحقاً، أي بعد عشر سنوات، رأيت الإشارة النبوية المليئة بالبشائر… لقد ذهبت إلى هناك بعشق. لم تكن عيناي تريان شيئاً آخر. كانت وظيفتي في إسطنبول لامعة جداً. ولأنني سأترك هذه الوظيفة وأذهب إلى هناك، كانوا يقولون لي في المعارف: ذلك المكان صحراء، كيف تترك عملك الجميل هنا وتذهب؟ هل أنت مجنون؟. والحال أنهم لو أرسلوني إلى هناك ليس كمدير، بل كمراقب أو خادم، لذهبت أيضاً.” ولم يتحقق طلبه هذا إلا بعد عامين.
