عُيّن كنعان رفاعي، بعد أضنة، مديراً للتعليم في ولاية “ماناستير” التي تقع اليوم داخل حدود مقدونيا الشمالية. وعندما بدأ مهامه في ماناستير، كان قد حصل أيضاً على ترقية استناداً إلى واجباته في أضنة. وبالإضافة إلى إدارة التعليم، قام رفاعي بتدريس اللغة الفرنسية والعلوم الطبيعية في مدارس المنطقة.
كانت ماناستير مدينة عالمية في البلقان تضم مجموعات عرقية متنوعة. ونظراً لكونها منطقة عبور بين وسط أوروبا والبحر الأدرياتيكي، فقد أصبحت واحدة من المراكز التجارية المهمة للدولة العثمانية. ومع ذلك، في السنوات التي كان رفاعي يتولى فيها منصبه، كانت المدينة تكافح الأزمات الاقتصادية والكوارث الطبيعية. وقد سعى كنعان رفاعي إلى القضاء على الآثار السلبية لهذه الصعوبات على التعليم.
وإلى جانب كل ذلك، كانت ماناستير في وضع سياسي حساس في أواخر القرن التاسع عشر بسبب الحركات القومية المتصاعدة في البلقان.
كانت الجماعات العرقية المختلفة تسعى لفتح مدارس باستخدام الطرق الرسمية وغير الرسمية، وتنفيذ أنشطة تعليمية في المدارس القائمة بما يعزز ثقافاتها الخاصة.
خلال فترة عمله هنا، كافح كنعان رفاعي في المقام الأول الممارسات غير القانونية في المدارس التابعة للجماعات العرقية. وبذل جهوداً لتنظيم الأوضاع القانونية لهذه المدارس. كما ركز على تطبيق السياسات التعليمية للحكومة العثمانية ورفع جودة التعليم في المنطقة.
هناك تفصيل مهم آخر يمكننا نقله عن سنوات كنعان رفاعي في ماناستير:
كنا قد ذكرنا، عند الحديث عن سنواته في باليكسير، أنه بدأ تعليمه الروحي متبعاً الطريقة القادرية تحت إشراف فيليبيلي أدهم أفندي.
وقد جاء مرشده أدهم أفندي لزيارته في الفترة التي كان يعمل فيها كنعان رفاعي مديراً للتعليم في ماناستير. كان هذا اللقاء هو الأخير بينهما، حيث توفي أدهم أفندي بعد بضعة أشهر من عودته إلى مسقط رأسه. ودخل كنعان رفاعي مرحلة جديدة سيواصل فيها رحلته الروحية وحيداً لفترة من الزمن.
